De Reformatie bereikte Aalten aan het einde van de zestiende eeuw. De verovering van Bredevoort door prins Maurits op 8 oktober 1597 was daarbij een belangrijk keerpunt, maar de overgang van de oude katholieke parochie naar een gereformeerde gemeente verliep niet van de ene op de andere dag. In de jaren daarna veranderden zowel het kerkbestuur als het gebruik van de Oude Helenakerk.
De middeleeuwse parochie
Aalten was al in de middeleeuwen een zelfstandige parochie. De kerk aan de Markt was gewijd aan Sint Helena. Eeuwenlang behoorde de parochie tot het bisdom Münster. Bij de kerkelijke herindeling van de Nederlanden in 1559–1561 kwam Aalten echter onder het nieuw gevormde bisdom Deventer te vallen.
De katholieke kerk kende een rijk religieus leven. Uit die periode stammen onder meer de bekende Aaltense kruiswegstaties, die omstreeks 1530 werden vervaardigd. Hun oorspronkelijke plaats is niet met zekerheid bekend.
1597: Bredevoort veroverd
Bredevoort was het bestuurscentrum van de heerlijkheid waartoe Aalten behoorde. Toen prins Maurits de vesting in 1597 veroverde, kwam het gebied definitief in Staatse handen. Daarmee kreeg ook de gereformeerde kerk in deze streek ruimte om zich te organiseren.
De Aaltense kerk werd in deze jaren bediend door pastoor Theunissen uit Bocholt. In lokale overlevering wordt verteld dat hij zich tegen de hervorming verzette en uiteindelijk naar het klooster Burlo of naar Rhede vertrok. Andere historische bronnen laten zien dat geestelijken uit Aalten in de jaren na 1597 juist bij de classis Zutphen werden betrokken bij de overgang naar de gereformeerde kerk. De precieze gang van zaken rond Theunissen is daarom niet op alle punten met zekerheid vast te stellen.
In 1598 werden geestelijken uit onder meer Aalten opgeroepen voor een classicale vergadering in Zutphen. Van hen werd verlangd dat zij zich aan de gereformeerde kerkorde zouden conformeren. In 1602 wordt de voormalige Aaltense kapelaan Anthonius van Keppel genoemd als eerste predikant van de nieuwe gereformeerde gemeente. In 1603 verklaarden vertegenwoordigers uit Aalten, Winterswijk en Zeddam zich bereid de gestelde voorwaarden te aanvaarden. In 1633 kreeg Aalten een eigen kerkenraad.
De Oude Helenakerk wordt gereformeerd
De Oude Helenakerk kwam na de Reformatie in gebruik bij de gereformeerde gemeente. Veel voorwerpen en gebruiken uit de katholieke eredienst verdwenen uit de kerk. Waarschijnlijk verdwenen in deze periode ook de stenen kruiswegstaties uit het openbare religieuze leven. Ze werden pas in de negentiende eeuw teruggevonden en bevinden zich tegenwoordig in Museum Catharijneconvent in Utrecht.
De gereformeerde gemeente die in de zeventiende eeuw ontstond, werd de voorloper van de latere Hervormde Gemeente Aalten. De benaming Nederlandse Hervormde Kerk dateert zelf pas uit de negentiende eeuw.
Katholieken over de grens
De rooms-katholieke bevolking verdween door de Reformatie niet uit Aalten, maar beschikte lange tijd niet over een eigen openbaar kerkgebouw. Voor de mis weken katholieken onder meer uit naar kapellen net over de grens in het bisdom Münster. Een bekende bestemming was de Kruiskapel bij Hemden, die vanaf de zeventiende eeuw door katholieken uit Aalten en Bredevoort werd bezocht.
Tijdens de Münsterse bezetting van 1672–1674 veranderde de situatie tijdelijk. De Oude Helenakerk kwam korte tijd opnieuw in katholieke handen; aanvankelijk was sprake van gedeeld gebruik. Nadat de Münsterse troepen met Pinksteren 1674 vertrokken, werd het gebouw weer door de gereformeerde gemeente gebruikt.
Katholieke eredienst keert terug in Aalten
Aan het einde van de achttiende eeuw kregen katholieken meer ruimte om hun geloof openlijk uit te oefenen. Vanaf 1790 konden in Aalten weer katholieke diensten worden gehouden. In 1800 werd aan de Kerkstraat een schuur ingericht als kerk, naast een pastorie. Daarmee hoefden Aaltense katholieken niet langer voor iedere kerkdienst de grens over.
De schuurkerk bleef bijna zestig jaar in gebruik. In 1859 werd aan de Dijkstraat een grotere rooms-katholieke kerk gebouwd. Die kerk brandde in 1893 af en werd later vervangen. De bouwgeschiedenis van deze kerken hoort bij de afzonderlijke plaatsprofielen; voor de geschiedenis van de Reformatie is vooral van belang dat de katholieke gemeenschap na ongeveer twee eeuwen weer over eigen kerkruimte in Aalten beschikte.
Een blijvende verandering
De Reformatie veranderde de kerkelijke verhoudingen in Aalten ingrijpend. De middeleeuwse parochiekerk werd een gereformeerde kerk, terwijl katholieken hun geloof aanvankelijk buiten het dorp of over de grens moesten uitoefenen. Tegelijk bleef een katholieke gemeenschap bestaan. De latere kerkgeschiedenis van Aalten — met verschillende protestantse stromingen, een herstelde katholieke parochie en nieuwe kerkelijke afscheidingen — bouwde voort op de verhoudingen die in deze periode ontstonden.