Na de Afscheiding en de Doleantie kende Aalten lange tijd meerdere protestantse kerkgenootschappen naast elkaar. In de twintigste eeuw groeiden de Hervormde Gemeente en de Gereformeerde Kerk geleidelijk weer naar elkaar toe. In juni 2006 gingen zij samen verder als de Protestantse Gemeente Aalten.
Eén Gereformeerde Kerk vanaf 1909
De twee gereformeerde lijnen die in de negentiende eeuw uit de Afscheiding en Doleantie waren ontstaan, werden in Aalten per 1 januari 1909 verenigd tot één Gereformeerde Kerk. De voormalige Kerk A en Kerk B gingen daarmee plaatselijk samen.
De nieuwe Gereformeerde Kerk beschikte aanvankelijk over de oude Oosterkerk en de Westerkerk. In 1913 werd een grotere Oosterkerk in gebruik genomen. In 1965 kwam daar de Zuiderkerk bij.
Hervormd en gereformeerd
Naast de Gereformeerde Kerk bleef de Hervormde Gemeente Aalten bestaan, met de Oude Helenakerk als belangrijkste kerkgebouw. De scheiding tussen hervormden en gereformeerden was lange tijd niet alleen kerkelijk, maar werkte ook door in verenigingen, onderwijs en het maatschappelijke leven.
Vanaf de jaren 1970 groeide de toenadering tussen beide kerkgenootschappen. Dat paste in het landelijke Samen-op-Wegproces, waarin Nederlandse hervormden en gereformeerden steeds nauwer gingen samenwerken. In Aalten leidde dit tot intensievere contacten, gezamenlijke activiteiten en uiteindelijk gesprekken over volledige vereniging.
Protestantse Gemeente Aalten
De landelijke Nederlandse Hervormde Kerk, Gereformeerde Kerken in Nederland en Evangelisch-Lutherse Kerk verenigden zich in 2004 in de Protestantse Kerk in Nederland. In Aalten volgde de plaatselijke vereniging twee jaar later.
In juni 2006 fuseerden de Hervormde Gemeente Aalten en de Gereformeerde Kerk Aalten tot de Protestantse Gemeente Aalten. Daarmee kwamen twee kerkelijke lijnen die in de negentiende eeuw uiteen waren gegaan weer binnen één plaatselijke gemeente samen.
De nieuwe gemeente bleef verschillende kerkgebouwen gebruiken, waaronder de Oude Helenakerk, Oosterkerk en Zuiderkerk. De afzonderlijke geschiedenis en latere bestemming van die gebouwen wordt beschreven bij hun eigen Plaats-profielen.