In de negentiende eeuw kreeg Aalten te maken met twee grote kerkscheuringen binnen het Nederlandse protestantisme: de Afscheiding en, ruim vijftig jaar later, de Doleantie. Beide leidden in Aalten tot nieuwe kerkelijke gemeenten. Pas in 1909 kwamen de twee gereformeerde stromingen plaatselijk samen.
De Afscheiding
De landelijke Afscheiding begon in 1834 in Ulrum, waar ds. Hendrik de Cock en een deel van zijn gemeente de Nederlandse Hervormde Kerk verlieten. Ook in Aalten ontstond onvrede onder orthodoxe hervormden. Uit de kerkenraadsnotulen blijkt dat in september en oktober 1835 enkele inwoners zich van het kerkgenootschap afscheidden.
De eerste Aaltense Afgescheidenen hadden nog geen eigen kerk. Zij hielden godsdienstoefeningen in particuliere huizen en boerderijen, onder meer bij Bouhuis, Sondern en Navis. Predikanten uit de Afscheiding, onder wie ds. Anthony Brummelkamp, kwamen naar de Achterhoek om in zulke bijeenkomsten voor te gaan.
Dat was niet zonder risico. Voor godsdienstige bijeenkomsten van meer dan twintig personen was toestemming van de overheid nodig. Afgescheidenen en hun voorgangers kregen daarom geregeld te maken met politieoptreden en boetes.
Een eigen gemeente
In 1843 werd in Aalten een Christelijke Afgescheidene Gemeente gevormd. De gemeente vroeg vervolgens erkenning aan bij koning Willem II en kreeg die op 12 januari 1844. Kort daarna bouwde zij een eigen kerk aan de huidige Oosterkerkstraat. Dat eerste kerkgebouw stond op de plek waar later de Oosterkerk kwam te staan.
De eerste eigen predikant werd ds. Derk Breukelaar. Hij deed op 24 september 1846 intrede en bleef meer dan veertig jaar aan de Aaltense gemeente verbonden.
De Doleantie
Een tweede breuk ontstond in de jaren 1880 binnen de Nederlandse Hervormde Kerk. Landelijk keerde de Doleantie zich tegen de macht van de landelijke kerkelijke besturen en tegen de ruimte die volgens orthodoxe hervormden aan vrijzinnige opvattingen werd gegeven.
In Aalten stond de rechtzinnige predikant ds. J.H.F. Gangel tegenover meer vrijzinnige krachten binnen de hervormde gemeente. Verschillen over kerkbestuur, catechisatie en christelijk onderwijs maakten de tegenstellingen steeds zichtbaarder. Een deel daarvan wordt afzonderlijk beschreven in De schoolstrijd in Aalten.
Op 15 februari 1887 besloot een meerderheid van de Aaltense kerkenraad zich aan de hervormde kerkelijke besturen te onttrekken. Gangel ging met de Doleantie mee. Zijn collega ds. H.A. van Oostrom Soede bleef binnen de Nederlandse Hervormde Kerk.
Strijd om de kerk
De vraag wie de Oude Helenakerk mocht gebruiken leidde in maart 1887 tot ernstige spanningen. Op zondag 6 maart 1887 wilden beide partijen in het gebouw een kerkdienst houden. Rond de kansel ontstond een opstoot en in de weken daarna werden militairen en politie naar Aalten gestuurd om de orde te bewaren.
Een contemporaine beschrijving daarvan verscheen op 19 maart 1887 in De Graafschapbode. Op Old Aalten is dit krantenartikel afzonderlijk bewaard als historische bron onder de titel De Kerkelijke toestand te Aalten.
De Dolerenden konden uiteindelijk niet over de hervormde kerkelijke goederen blijven beschikken. Zij bouwden daarom een houten noodkerk aan de Varsseveldsestraatweg, de later zo genoemde Plankenkerk, die op 1 mei 1887 in gebruik werd genomen. Enkele jaren later werd aan de Hogestraat de Westerkerk gebouwd.
Kerk A en Kerk B
Landelijk gingen de Christelijke Gereformeerde Kerk uit de Afscheiding en de Nederduitsche Gereformeerde Kerken uit de Doleantie in 1892 samen als De Gereformeerde Kerken in Nederland. In Aalten lukte een plaatselijke vereniging nog niet. De oudere gemeente uit de Afscheiding werd daarom Gereformeerde Kerk A genoemd en de Dolerende gemeente Gereformeerde Kerk B.
Pas op 1 januari 1909 werden beide Aaltense gemeenten samengevoegd tot één Gereformeerde Kerk. Daarmee kwam na ruim zestig jaar een einde aan de afzonderlijke lijnen die in Aalten uit de Afscheiding en de Doleantie waren ontstaan.